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杨允奎一生,从事高等教育和农业科研工作,对玉米遗传育种有精深研究。同时,他很重视学习国外先进经验和科研成果,他认为科学技术无国界,凡能为我国所用的都要学习。他多次出国访问,作农业科技报告,受到高度评价。
他著有《遗传学》、《论四川粮食作物传统栽培经验对自然条件的适应》、《论四川作物地方品种与自然条件的关系》、《利用玉米雄性不育特性制杂交种的研究》及续编、《玉米遗传原理》等书。他培养出数以千计的专业人才,分布在全国各地。